Zgodnie z postanowieniami Traktatu o Unii Europejskiej, przewidującymi rozpoczęcie nowelizacji postanowień traktatowych od 1996 roku, odbyła się konferencja międzyrządowa trwająca od marca 1996 roku do czerwca 1997 roku. Ustalenia konferencji przyjęto w formie projektu Traktatu na posiedzeniu Rady Unii Europejskiej w Amsterdamie w czerwcu 1997 roku. Główne modyfikacje Traktatu to: możliwość nakładania sankcji na państwa członkowskie, które nie respektują zasad demokracji, praw człowieka, prawa wspólnotowego, udzielenie Radzie Unii Europejskiej kompetencji w zakresie zwalczania wszelkich przejawów dyskryminacji z powodu płci, rasy, poglądów, wyznania, kalectwa itd., zaliczenie równouprawnienia kobiet i mężczyzn jako fundamentalnego prawa Wspólnot Europejskich, utrzymywanie zasady wysokiego poziomu zatrudnienia, zaostrzenie wymogów ochrony środowiska, określenie relacji pomiędzy obywatelstwem wspólnotowym a narodowym. W zakresie modyfikacji polityk wspólnotowych, zmiany obejmują przede wszystkim: wprowadzenie do Traktatu o Wspólnocie Europejskiej (d. EWG) rozdziału dotyczącego polityki zatrudnienia, włączenie Protokołu Socjalnego, wyposażenie Unii Europejskiej we Wspólne Strategie w zakresie Wspólnej Polityki Zagranicznej i Bezpieczeństwa, wprowadzenie możliwości konstruktywnego wstrzymania się od głosu na forum Rady Unii Europejskiej dla państw nie zainteresowanych daną inicjatywą, system "trojki" w obszarze Wspólnej Polityki Zagranicznej i Bezpieczeństwa został zastąpiony inną reprezentacją, włączenie do Traktatu tzw. Zadań petersberskich - misji pokojowych, humanitarnych i ewakuacyjnych oraz akcji wojskowych przywracających pokój. Traktat Amsterdamski wszedł w życie 1 maja 1999 roku.