Południowy Sudan, zamieszkały w większości przez ludność murzyńską wyznającą chrześcijaństwo lub animizm, odbudowuje się z mozołem po zakończonym w 2005 r. konflikcie z islamską i w większości arabską Północą. Ta jedna z najkrwawszych i najdłuższych afrykańskich wojen rozpoczęła się w 1983 r., gdy rządząca Sudanem, fundamentalistyczna junta wojskowa rozciągnęła na Południe islamskie prawo szariatu i rozpoczęła przymusową islamizację kraju. Gdy w odpowiedzi miejscowa ludność wznieciła rebelię, rząd w Chartumie rozpoczął pacyfikację Południa, dokonywaną w sposób zakrawający o ludobójstwo (stosowano m. in. broń chemiczną). W ciągu trwającego 21 lat konfliktu ok. 1.5 mln. ludzi zginęło, a 4 mln. innych uciekło do sąsiednich państw by wegetować w obozach dla uchodźców. Wojnę napędzał fakt, że stawką w niej były nie tylko kwestie religijne ale również znajdujące się na Południu bogate złoża ropy naftowej.
 
Stronie rządowej nie udało się ostatecznie odzyskać kontroli nad południowym Sudanem ani złamać oporu „Sudańskiej Ludowej Armii Wyzwoleńczej". Brak perspektyw na pełne zwycięstwo oraz międzynarodowy nacisk skłoniły obie strony do rozmów pokojowych. Porozumienie zawarte w styczniu 2005 r. w Nairobi przewiduje, że na okres 6 lat Południe uzyska faktyczną autonomię, a na jego obszarze zniesione zostało obowiązywanie islamskiego prawa szariatu. W 2011 r. ludność Południa ma zadecydować w powszechnym referendum czy dokonać secesji od reszty kraju i utworzyć osobne państwo czy pozostać w ramach sudańskiej państwowości. Przedstawiciele Południa uzyskali też swą reprezentację w rządzie centralnym.